备受关注的《肥料管理条例》因各方争议很大，到目前为止尚未正式出台。
该条例由农业部负责起草，草案早在几年前就已送到国务院法制办公室。2006年“两会”期间，31位人大代表再次提出制定肥料管理法的议案。议案提出，美、加、法、韩、日等国都出台了肥料方面的管理法规，我国只有农业部制定的《肥料登记管理办法》，不利于规范肥料生产经营和使用行为，不利于保护企业、农民和农产品消费者的利益，建议制定肥料管理法。全国人大农业与农村委员会对该议案的审议意见是，制定肥料管理条例已经列入国务院2006年立法计划。议案所提建议可在肥料管理条例中体现。
据了解，在肥料管理方面，我国到目前为止一直实施的是《肥料登记管理办法》。该《办法》于2000年6月23日以农业部部长令的形式出台。多年来，行业协会曾先后向原国家计委、原国家经贸委、国务院减轻企业负担办公室、国家发改委、国务院法制办等部门反映，要求取消这一办法。
而在被业界寄予厚望的《肥料管理条例》（送审稿）中，肥料登记仍是主要内容。因此，2006年2月28日，磷肥协会向国务院法制办公室递交了对农业部《肥料管理条例（送审稿）》的意见，指出该送审稿仍以登记为核心、以收缴和罚款为重点，只是农业部自己制定的《办法》的扩充和翻版。农业部的《办法》自实施以来，已引起了众多化肥生产企业和营销单位的意见和争议。如果仍坚持原意，就不符合《行政许可法》，缺乏科学性。2009年5月23日，磷肥协会又提出“关于取消《肥料登记管理办法》的建议”，指出肥料登记与现行法律、法规、标准内容重复，形成了多头执法、多头管理的局面，不利于化肥工业的发展和农业科学施肥，增加了企业负担；肥料登记管理很难做到公平、公正，容易产生腐败等。 