针对当前实施的磷矿石资源税税额标准的不合理问题，温家宝总理对包括中国化学矿业协会、中国磷肥工业协会提出的《关于请求调整磷矿石资源税税额标准的建议》在内的6条建议作出重要批示。工信部等部门正在积极落实温家宝的批示，向中国磷肥工业协会等单位深入了解情况。
财政部、国家税务总局去年10月1日上调了磷矿石的资源税税额标准，调整后的税额标准油3元/t增加到15元/t。
然而，众所周知，我国是世界磷矿石资源大国，但磷矿石资源丰而不富，在已查明的储量中，97.5%为中低品位磷矿，全国磷矿石资源的平均品位（P2O5含量）为16.95%。磷矿石企业和磷肥企业认为，这种磷矿石资源现状须走选矿富集的开发利用模式，因此磷矿石资源税按照每吨原矿征收标准不合理。目前，云南已具有1000万t/a选矿能力，湖北也建成900万t/a选矿装置，每吨标准矿消耗2~4吨原矿。如此测算，每吨标准矿将征收30~60元的资源税，这大大增加了中低品位矿的利用成本。按照原矿征收资源税，将加剧企业采富弃贫行为，造成磷矿资源巨大浪费，违背了国家鼓励贫富兼采的政策。
由于磷肥企业每年约消耗磷矿石5000万t，此次资源税调整每年给磷肥行业增加成本超过60亿元。这60亿元资源税无疑对举步维艰的磷肥行业是雪上加霜，绝大多数企业表示难以承受，最终会损害广大农民的利益。
近期，磷矿企业和磷肥企业一直呼吁，磷矿石资源税的计费标准应加以调整，改按原矿征收为按标矿征收，且对开采利用中低品位磷灰石给予政策支持。为了营造良好的磷资源开发环境，推动中低品位有效利用，企业还建议，对国内配套建设选矿装置的企业采用差别税率适当优惠的办法，以体现国家鼓励资源节约的政策导向。