《办法》规定：化肥淡储遵循企业储备、银行贷款、政府贴息、市场运作、自负盈亏的原则，由国家发改委会同财政部确定化肥淡储区域、品种及数量，承储企业原则上通过招标方式确定。化肥淡储期限为6个月，一般为当年10月至次年3月。委托单位可依照用肥季节差异情况对部分区域淡储起止时间做适当调整。化肥淡储年度总量不超过800万实物吨，原则上按农业生产区域用肥需求配置，主要安排尿素、磷酸二铵等高浓度化肥。化肥淡储承储企业以流通企业为主，兼顾大型化肥生产企业。化肥淡储承储企业注册资金原则上不低于3000万元等。
《办法》还规定，淡储化肥所需资金由银行提供。各银行在坚持信贷原则，保障资金安全的前提下，对承储企业贷款，承储企业按时还本付息。淡储化肥由中央财政给予利息补贴。中央企业化肥淡储利息补贴由中央财政直接拨付；其他企业由中央财政通过地方财政转拨。
2008年/2009年度化肥淡储总量为1100万吨，比往年增加了300万吨。其中，1000万吨淡储指标将优先给予近两年淡储工作搞得较好的40家化肥流通与生产企业，剩余100万吨将通过企业申请、专家评审的招标方式确定承储企业。