1999年，财政部经国务院批准下发通知，规定国家计划内进口的钾肥、磷酸二铵、复合肥等免征进口环节增值税，对进口氮肥照章征收进口环节增值税。随后，海关总署下发通知，财政部和国家税务总局联合下发通知，对如何办理免税手续问题作了补充规定。
2001年7月20日，为更好地支持农业生产发展,经国务院批准，财政部和国家税务总局联合发布通知，将免征增值税的化肥品种扩大为生产销售除尿素以外的氮肥、除磷酸二铵以外的磷肥、钾肥以及免税化肥为主要原料的复混肥（企业生产复混肥产品所用的免税化肥成本占原料中全部化肥成本的比重高于70%）。另外，对生产销售的尿素统一征收增值税，并在2001、2002年两年内实行增值税先征后退的政策。2001年对征收的税款全额退还，2002年退还50%，自2003年起停止退还。2004年，鉴于当时的尿素需求形势，财政部和国家税务总局规定，自2004年1月1日至2004年12月31日，对尿素生产企业生产销售的尿素产品，执行先按规定征收增值税，后按实际缴纳增值税额返还50％。
为了更好地增加国内化肥的供应量，减少化肥出口，2005年12月29日，财政部、国家税务总局、国家发展和改革委员会联合下发通知，停止对尿素、磷酸二铵和磷酸一铵的出口退税。2006年，发改委价格文件规定，继续暂停对尿素、磷酸二铵、磷酸一铵的出口退税；继续对尿素出口征收季节性暂定关税，1—9月按30%的税率、10—12月按15%税率计征尿素出口季节性暂定关税。
总之，税收政策是调整化肥流通体系健康发展的重要举措，由于化肥特殊的农资产品属性，税收政策主要以减免各项费用为主要目的，在必要的时候也为政府对化肥市场进行指导服务。
运输政策的产生。在早期的分配政策和价格政策中包含了关于化肥运输方面的规定，从开始的运费定额到运价机制都有零星的说明，但是真正将化肥运输通过政策来规范，最早出现在上世纪80年代初期到1988年的化肥价格“双轨制”时期。