我国微生物肥料的研发与应用，是于20世纪50年代开始的，但由于长期研究缺乏投入，使得我国的微生物肥料产业存在整体水平不高、技术创新不足、产品质量欠稳定、利用程度较低等问题。目前我国年产微生物肥仅占化肥产量的0.5%，如果这一比例达到3%，就能取得减少50万吨化肥用量，增产粮食100亿公斤的直观效果。由此看来，我国微生物肥料的市场前景极为广阔。
分析我国微生物肥料市场，至少在5个方面存在巨大商机。
一是因化肥的普遍涨价，给微生物肥料带来发展空间。今年上半年，由于受国际大环境影响，许多原料涨价，造成化肥市场价格暴涨。与化肥相比微生物菌肥价格涨幅不大。从今年春季的农资市场看，据抽样调查，化肥比往年同期销售下降31.2%，有较长一段时间化肥市场出现了生产厂家不愿产，经销商不愿进，农民不愿买的“三不”现象。一些农民开始认可和选用微生物菌肥和有机肥，这给微生物肥料生产厂家带来巨大发展商机。
二是从目前的土壤现状看微生物菌剂的商机。农业要增产化肥起了主要作用，但由于农民长期偏施氮肥特别是对氮肥的长期依赖，造成土壤板结、盐渍化现象十分普遍。目前我国肥料利用率还很低，公认的利用率是：氮肥利用率30%；磷肥利用率20%；钾肥利用率70%。由于微生物肥料有解钾、解磷、固氮的功能，能大大提高肥料的利用率，所以逐渐受到广大农民的青睐。
三是国家提倡大量使用微生物菌肥，政策支持力度加大。今年中央在一号文件中提到：加强对土壤的保护与改良，在全国大力推广和使用有机肥料。各级政府也把改良土壤保护耕地，发展和促进出口创汇农业作为头等大事来抓，重视和发展无公害绿色蔬菜必然要加大对微生物菌肥的投入。
四是销售利润空间较大。有些经销商之所以抢先进货，与化肥、氮肥相比，经营微生物肥料利润空间比化肥大，而且，目前市场上微生物菌肥相对化肥品种较少，竞争对象少。特别是一些大的正规厂家少，以前那些家庭作坊式的小生产企业，由于不能保证产品质量，多数经营不景气。而那些资金势力雄厚，又有科技后盾，农化服务和售后服搞得好的微生物肥料生产企业，竞争能力和发展空间相对较大。
五是从农民的用肥习惯看微生物菌肥的商机。在生产实践中，不少农民亲身体会到微生物菌肥在生产中的作用。所以他们不再嫌麻烦，自觉采取配方施肥，搭配施肥，主动向地里投入生物菌肥。特别是在寿光、济阳、聊城一些菜区，农民通过使用微生物菌肥尝到甜头，尤其是对微生物菌肥在抗病增产方面的作用认识十分深刻，在有些地方，不少农民对微生物菌肥的认识程度已远远超过一些农资经销商。