化肥价格体制改革到现在为止一个很重要的原因，就是化肥企业希望先完全放开价格，然后分步取消优惠政策，而这与国家“取消优惠，放开价格”的思路有落差。但是，记者最近在采访时发现，宁愿以放弃优惠政策换取价格放开成为不少化肥企业的共识。
多年来，为了保证化肥价格的平稳，国家一直给化肥企业提供相应的优惠政策。
一是税收优惠。据了解，2005年化肥产业免征增值税46亿元，其中氮肥35.5亿元，磷肥4.3亿元，钾肥0.4亿元，复混肥4.8亿元。
二是原料优惠。主要包括大型化肥企业所用天然气享受国家计划内价格。据了解，目前大型化肥企业所用天然气价格是每千立方米900～1000元，仅相当于市场价的一半。
三是电力优惠。以湖北宜昌为例，当地中小化肥企业用电为0.29元/千瓦时，远远低于当地0.43元/千瓦时的均价标准。其他省份也同样如此。综合来看，化肥用电价格平均低于其他工业用电价格0.15元/千瓦时。从目前的用电量来算，化肥产业每年享受着国家80亿元的电力优惠。
四是铁路运输优惠。化肥铁路运输执行2号特殊优惠价格，每千千米费用25～30元，免征铁路建设基金，而普通固体化工品运价约为每千千米费用100～110元，如此的优惠运价加上免征的铁路建设基金，全化肥产业每年享受总计近50亿元的超额优惠。
国家每年用于化肥企业的各项优惠政策上的费用十分可观。但是很多情况下，这些优惠政策带给化肥企业的利益并不大。
首先是政策难以落实到位，有的变相成为相关部门的权力。据有关化肥企业介绍，目前大多数气头尿素企业的计划内天然气都很难有保障。四川等省天然气管理部门甚至明确提出，尿素企业计划内用气每年要削减20％。而铁路运费优惠就更别提了。现在铁路运输十分紧张，许多化肥企业为了如期弄到优惠车皮，不得不另外再花一笔钱去买。
其次就是优惠政策带来不公平竞争。目前并不是所有的化肥企业都享受了同等的优惠政策，因此生产成本也不一样。从而人为地带来不公平，对大家的积极性是一种打击。
再次就是优惠政策带来浪费。目前表现最明显的就是化肥产品和原料的迂回运输。几乎在任何一个市场，我们都能看到全国所有品牌的化肥，特别是复合肥表现得更明显。目前有很多复合肥企业从原料产地把氮磷钾各种原料产品买回去，加工后再将产品卖到原料产地。湖北的复合肥卖到江苏，江苏同样的复合肥想方设法进入湖北这样的事十分常见。化肥并不是高科技产品，而是体积很大的大宗产品，而这种产品是有其固有的销售半径的。现在大家之所以这样不计成本，就是因为运价便宜，从而带来国家运输资源的极大浪费。
今年以来，由于化肥价格上涨幅度过大，国家为了平抑化肥价格，再次启动最高限价政策，合成氨生产能力30万t/a及以上氮肥企业生产的尿素基准出厂价为每吨1500元，上下浮动幅度15%；合成氨年生产能力在30万吨以下的所有氮肥企业生产的尿素，各地政府对出厂价也有限制。4月份，国家专门出台文件，对磷酸二铵实行每吨最高限价4100元。出台这种限价政策已经不是一次两次了。
首先，限价政策并没有限住价格。目前政府规定尿素最高出厂限价为1725元/吨，但是事实上，9月份以前尿素价格一直都是在2300元/吨左右徘徊，而且这个价格市场也都能接受，限价形同虚设。据记者了解,有的企业为避开限价,成立销售公司或者在票据上做文章。最终，肥料到农民手上时，价格依然很高。'张汉卿说。
其次,不公平政策带来弄虚作假。就拿今年出台的磷酸二铵限价政策来说，由于制定政策的人对磷酸二铵产业不太了解，在规定磷酸二铵最高限价不能突破4100元/吨时，并没有限定含量。无论是57%的还是64%的都是4100元/吨，这显然是不公平的。因此，受成本压力影响及利益驱使，那些生产高含量磷酸二铵的企业不得不开始生产低含量的产品。由于政策不够专业和严谨，带来了不公平性，让那些信誉很好的企业也开始想办法钻空子。
此外，从目前实施的情况来看，限价的管理难度也是可想而知。因为限定了企业的出厂价，就得想办法给企业补贴，减免了很多税不说，还得在原料上优惠，而且很难做到公平。
在今年出台的价格管理政策中规定，国家继续对化肥批发和零售价格实行差率控制，化肥从出厂到零售的综合经营差率为7%。其中批发环节最高不得超过4%，允许二道批发环节，每道环节各2%；零售环节最高不得超过3%。
现在的经济环境、物价指数、人员工资、通胀程度及利息率与10年前已有了很大的变化，因此带来的仓储、管理等费用都有了很大的提高。现在仍沿用那个时候的批零计价公式，显然是不合理的。没有利润，就违背了经营者的意愿。因此，一些化肥经销商不得不用非常手段来获得利润。
此外，化肥流通体制改革后，化肥经营主体多元化，出现了许多挂靠户、个体户、代销点、夫妻店等，这些单位销售计量不规范，进销无票据，很难将流通环节差率控制和价格监管执行下去。因此，国家虽然想尽办法从出厂和批发环节控制价格，但是到零售环节，价格仍然很高，农民用的依然是高价肥，前面所做的一切都没有了意义。
面对目前价格管理出现的种种问题，化肥企业纷纷表示，他们宁可不要优惠政策也希望化肥市场能够早点放开。